Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức thay thế Thông tư 200 từ ngày 01/01/2026, đánh dấu một bước ngoặt quan trọng trong tiến trình tiệm cận chuẩn mực quốc tế của chế độ kế toán doanh nghiệp Việt Nam.
Tuy nhiên, thực tế triển khai cho thấy đây không đơn thuần là việc thay đổi hệ thống tài khoản hay biểu mẫu báo cáo. Thách thức thực sự nằm ở yêu cầu nâng cấp toàn diện hệ thống quản trị, từ quy chế nội bộ, kiểm soát dữ liệu đến năng lực xét đoán nghề nghiệp của đội ngũ kế toán.
Bài viết dưới đây, Crowe Vietnam đi theo góc nhìn mà nhiều doanh nghiệp đang quan tâm nhất hiện nay: Thực trạng và những vấn đề khi áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC khi doanh nghiệp bắt đầu chuyển từ tư duy của Thông tư 200 sang cách vận hành mới của Thông tư 99.
1. Thực trạng chung tính đến thời điểm hiện tại
Tính đến đầu năm 2026, bức tranh chung trên thị trường cho thấy nhiều doanh nghiệp vẫn đang ở trạng thái chuẩn bị cầm chừng, thay vì chuyển đổi dứt điểm. Đây không phải là một thống kê chính thức từ cơ quan nhà nước, mà là một quan sát thực tiễn khá dễ thấy khi nhìn vào loạt câu hỏi gửi Bộ Tài chính trong những tháng đầu năm 2026.
Chỉ riêng trên cổng Hỏi đáp CSTC, doanh nghiệp đã liên tục hỏi về thời điểm bắt đầu áp dụng Thông tư 99 theo năm tài chính, xử lý số dư khi chuyển chế độ, tỷ giá, vàng tiền tệ, tài sản sinh học hay tài khoản 3387. Điều đó cho thấy thị trường vẫn đang trong giai đoạn “vừa triển khai, vừa rà soát để hoàn thiện cách làm”.
Một lý do quan trọng là không phải doanh nghiệp nào cũng phải đổi ngay từ ngày 01/01/2026. Bộ Tài chính đã trả lời rõ rằng Thông tư 99 áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày 01/01/2026. Vì vậy, doanh nghiệp có năm tài chính từ 01/10/2025 đến 30/09/2026 thì chưa áp dụng TT99 tại thời điểm 01/01/2026, mà chỉ áp dụng từ năm tài chính bắt đầu 01/10/2026. Tương tự, doanh nghiệp có năm tài chính từ 01/07 đến 30/06 thì sẽ áp dụng Thông tư 99 từ 01/07/2026 cho mục đích ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính.
Chính mốc áp dụng theo năm tài chính này khiến không ít doanh nghiệp chọn cách ưu tiên chốt sổ, kiểm toán, thuế, bảo hiểm và các nghĩa vụ ngắn hạn trước, rồi mới xử lý chuyển đổi sâu sang Thông tư 99.
Một nguyên nhân khác là nhiều doanh nghiệp vẫn kỳ vọng rằng “đợi phần mềm kế toán cập nhật xong là sẽ làm được”. Tuy nhiên cách hiểu này là chưa đủ. Theo quy định, việc sử dụng phần mềm kế toán phải bảo đảm tính chính xác và trung thực của dữ liệu; đồng thời doanh nghiệp được phép tự thiết kế chứng từ, sổ sách, tài khoản hoặc bổ sung chỉ tiêu báo cáo nhưng phải ban hành Quy chế hạch toán kế toán làm cơ sở thực hiện. Ngoài ra, doanh nghiệp phải tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương và tổ chức kiểm soát nội bộ để phân định rõ quyền, nghĩa vụ, trách nhiệm của các bộ phận liên quan.
Nói cách khác, Thông tư 99 không phải là một dự án “cập nhật phần mềm”, mà là một dự án thay đổi cách vận hành kế toán. Dù vậy, cũng cần ghi nhận rằng một số doanh nghiệp đã bắt đầu đi trước. Nhóm này thường không chờ đến ngày áp dụng mới xử lý, mà đã triển khai rà soát chính sách, thiết kế lại hệ thống tài khoản kế toán, mapping ERP, chuẩn hóa dữ liệu đầu kỳ và xây dựng checklist thuyết minh từ sớm. Điều này cũng phản ánh qua nhu cầu thực tế trên thị trường dịch vụ tư vấn kế toán.
2. Những vấn đề khi áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC
2.1. “Nút thắt số 1”: Quy chế nội bộ và kiểm soát nội bộ chưa kịp nâng cấp
Vướng mắc đầu tiên, và cũng là thách thức lớn nhất, chính là doanh nghiệp mới chỉ dừng lại ở việc “đổi thông tư” nhưng chưa thực sự “đổi cách quản trị”. Thông tư 99 trao quyền chủ động rất lớn cho doanh nghiệp trong việc tự thiết kế hệ thống chứng từ, sổ kế toán, tài khoản và các chỉ tiêu báo cáo bổ sung. Tuy nhiên, quyền tự quyết càng cao thì yêu cầu về tính minh bạch và trách nhiệm giải trình càng lớn.
Thực tế cho thấy, không ít doanh nghiệp vẫn đang vận hành dựa trên các quy chế kế toán sơ sài hoặc theo thói quen kinh nghiệm lâu năm. Khi chuyển sang Thông tư 99, nếu thiếu một Quy chế hạch toán kế toán được xây dựng bài bản và chặt chẽ, doanh nghiệp sẽ rất khó chứng minh tính pháp lý và sự nhất quán trong các nghiệp vụ của mình. Đến kỳ kiểm toán hoặc thanh tra thuế, việc giải trình về logic phân bổ chi phí, cơ sở lựa chọn ngân hàng tham chiếu tỷ giá, hay lý do thay đổi mã tài khoản và chỉ tiêu báo cáo sẽ trở nên áp lực hơn khi thiếu “hồ sơ nền” để bảo vệ các xét đoán kế toán.
Ở tầng sâu hơn, vấn đề nằm ở kiểm soát nội bộ. Thông tư 99 đòi hỏi sự chuẩn hóa nghiêm ngặt trong phân quyền: Phân quyền phê duyệt chứng từ, quyền sửa dữ liệu gốc (master data), quyền thay đổi mapping tài khoản, quyền chọn ngân hàng tham chiếu tỷ giá, quyền khóa sổ và mở sổ lại. Nếu các tầng kiểm soát này không được thiết lập rõ ràng, sai sót sẽ lặp lại có hệ thống và rất khó truy vết.
Nói cách khác, Thông tư 99 không chỉ đơn thuần yêu cầu kế toán “hạch toán đúng”, mà còn buộc doanh nghiệp phải trả lời được các câu hỏi mang tính quản trị: Ai được quyền thực hiện? Dựa trên chính sách nào? Và ai là người chịu trách nhiệm cuối cùng cho dữ liệu đó?
2.2. “Tự do thiết kế” chứng từ, sổ sách: Rủi ro mất kỷ luật dữ liệu
Một thay đổi đáng kể của Thông tư 99 là cho phép doanh nghiệp chủ động thiết kế thêm, sửa đổi, hoặc bổ sung biểu mẫu chứng từ và sổ kế toán, miễn là tuân thủ Luật Kế toán và được cụ thể hóa trong Quy chế hạch toán kế toán của đơn vị.
Đặc biệt, thông tư cũng siết chặt tính trách nhiệm khi quy định: Kế toán trưởng (hoặc người được ủy quyền) không được ký “thừa ủy quyền” chức danh của người quản lý, điều hành doanh nghiệp trên chứng từ kế toán.
Điều này nhằm tách bạch rõ ràng vai trò phê duyệt kinh tế và vai trò kiểm soát kế toán. Về lý thuyết, sự linh hoạt này là một bước tiến tích cực. Nhưng thực tế, “tự do” luôn đi kèm với rủi ro mất kỷ luật dữ liệu nếu thiếu nguyên tắc thống nhất. Một mẫu chứng từ thiếu các thông tin quản trị cốt lõi như số hợp đồng, mã dự án, điều khoản thanh toán hay mã trung tâm chi phí (cost center) có thể vẫn đủ điều kiện để ghi sổ tại thời điểm phát sinh. Tuy nhiên, vài tháng sau, chính sự thiếu hụt này sẽ khiến kế toán gặp bế tắc khi cần thuyết minh, đối chiếu hoặc bảo vệ số liệu trước các đơn vị kiểm tra.
Hầu hết các vấn đề sai lệch trên báo cáo tài chính không phát sinh ở giai đoạn tổng hợp, mà bắt nguồn ngay từ lúc khởi tạo chứng từ đầu vào. Khi đó, kế toán dễ rơi vào tình trạng: “Bút toán không sai, nhưng dữ liệu không đủ để giải trình”. Đây chính là khoảng cách rất lớn giữa một hệ thống kế toán chỉ dừng lại ở việc ghi chép và một hệ thống kế toán đủ năng lực “sống chung” với những yêu cầu khắt khe của Thông tư 99.
2.3. Hệ thống tài khoản và mapping ERP gây ra sự cố
Thông tư 99 cho phép doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung tên, số hiệu, kết cấu và nội dung phản ánh của tài khoản kế toán cho phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý. Đồng thời, một số tài khoản cũ bị loại bỏ, một số tài khoản mới được bổ sung như TK 215 cho tài sản sinh học và TK 82112 cho chi phí thuế TNDN bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu.
Đây là khu vực rất dễ phát sinh lỗi kỹ thuật khi chuyển đổi từ Thông tư 200. Thực tế, nhiều doanh nghiệp làm mapping tài khoản khá vội vàng theo tư duy “đổi số hiệu cho kịp”, mà chưa rà soát lại logic luồng dữ liệu đi từ chứng từ đến sổ cái, từ sổ cái đến báo cáo quản trị và từ báo cáo quản trị đến báo cáo tài chính. Hệ quả là số liệu so sánh bị đứt mạch, chỉ tiêu trên báo cáo tài chính bị lệch logic, dashboard quản trị bị “gãy” vì trước đây chạy theo COA cũ, trong khi COA mới chưa được đồng bộ ở ERP, BI hay file quản trị nội bộ.
Rủi ro còn lớn hơn với các doanh nghiệp có chi nhánh, đơn vị phụ thuộc hoặc nhiều thực thể pháp lý (legal entities) trong cùng một tập đoàn. Nếu trụ sở chính cho phép “tùy biến” nhưng không ban hành quy ước mapping thống nhất toàn doanh nghiệp, mỗi đơn vị có thể hiểu và dùng COA theo một cách khác nhau. Lúc đó, vấn đề không còn là hạch toán đúng hay sai ở từng đơn vị, mà là mất khả năng hợp nhất và đối chiếu nội bộ ở cấp doanh nghiệp.
2.4. Đồng tiền chức năng, thay đổi đồng tiền và quy đổi sang VND: Vướng vì “tiêu chí, dữ liệu, hệ thống”
Một điểm mới của TT99 khiến nhiều doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp có giao dịch ngoại tệ đặc biệt quan tâm là hướng dẫn về đơn vị tiền tệ trong kế toán và thay đổi đơn vị tiền tệ trong kế toán.
Bộ Tài chính đã giải đáp rất rõ: khi thay đổi đơn vị tiền tệ trong kế toán, doanh nghiệp phải dùng tỷ giá mua bán chuyển khoản trung bình của ngân hàng thương mại nơi doanh nghiệp thường xuyên có giao dịch, tức là ngân hàng có tần suất hoặc giá trị giao dịch nhiều hơn so với bên khác, để chuyển đổi số dư các khoản mục trên sổ kế toán và Báo cáo tình hình tài chính. Về mặt kỹ thuật, các khoản chênh lệch phát sinh sau chuyển đổi được xử lý tương tự chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại cuối kỳ. Riêng chênh lệch giữa tỷ giá tại ngày chuyển đổi so với ngày góp vốn sẽ không điều chỉnh lại vốn góp mà được trình bày chi tiết trên Thuyết minh báo cáo tài chính.
Tuy nhiên, việc triển khai thực tế thường vấp phải hai rào cản lớn:
- Thứ nhất là tính thuyết phục của hồ sơ chứng minh: Doanh nghiệp thường lúng túng trong việc định lượng tiêu chí lựa chọn ngân hàng tham chiếu. Nếu không lưu trữ được dữ liệu chi tiết về dòng tiền thu/chi chính, tần suất và giá trị giao dịch theo từng ngân hàng, hồ sơ xác định tỷ giá sẽ thiếu tính khách quan. Khi đó, việc giải trình lý do lựa chọn ngân hàng hoặc lý do thay đổi đồng tiền kế toán trước các đơn vị kiểm tra sẽ trở nên rất yếu thế.
- Thứ hai là giới hạn về năng lực hệ thống: Nhiều hệ thống ERP hiện nay chưa hỗ trợ tối ưu các thuật toán phức tạp như tỷ giá bình quân liên hoàn, tỷ giá giao ngay hay việc tự động quy đổi số liệu so sánh của các kỳ trước khi thay đổi đơn vị tiền tệ. Hệ quả là dù đội ngũ kế toán đã nắm vững chuẩn mực, nhưng hệ thống công nghệ lại chưa thể vận hành tương xứng, dẫn đến những sai sót thủ công trong quá trình chuyển đổi dữ liệu.
Xem thêm: Những khoản mục dễ sai nhất khi chuyển đổi số dư từ TT 200 sang TT 99
2.5. Đơn vị phụ thuộc, chi nhánh: Nếu không thống nhất quy ước toàn doanh nghiệp thì sẽ gặp nhiều vấn đề
Thông tư 99 tạo điều kiện thuận lợi hơn về mặt thủ tục: trụ sở chính và các đơn vị trực thuộc của doanh nghiệp không bắt buộc phải lập báo cáo tài chính riêng lẻ cho từng đơn vị, mà chỉ cần lập báo cáo tài chính tổng hợp ở cấp toàn doanh nghiệp. Tuy nhiên, sự tinh giản về hình thức này lại đặt ra yêu cầu khắt khe hơn về tính thống nhất trong quy ước kế toán nội bộ.
Thực tế triển khai cho thấy, nếu các chi nhánh và đơn vị phụ thuộc áp dụng các logic khác nhau trong việc ghi nhận doanh thu, giá vốn, phân bổ chi phí, hay mã hóa các giao dịch nội bộ và trung tâm chi phí (cost center), số liệu tại trụ sở chính sẽ cực kỳ khó đối chiếu. Khi đó, báo cáo tổng hợp của doanh nghiệp dễ gặp phải ba rủi ro lớn:
- Sai lệch trong loại trừ giao dịch nội bộ: Doanh thu và chi phí nội bộ không được ghi nhận nhất quán dẫn đến việc loại trừ bị trùng lặp hoặc bỏ sót.
- Biến dạng chỉ số hiệu quả (KPI): Kết quả kinh doanh của từng chi nhánh bị phản ánh sai bản chất do các quy tắc phân bổ chi phí không đồng bộ.
- Xung đột dữ liệu: Việc đối chiếu giữa số liệu quản trị và số liệu tài chính trở nên rời rạc, gây lãng phí thời gian và nguồn lực của bộ phận kế toán tổng hợp.
Sai lầm phổ biến của nhiều doanh nghiệp là cho rằng Thông tư 99 chỉ tác động đến bộ phận kế toán tại trụ sở chính. Thực tế, đối với các doanh nghiệp đa chi nhánh, việc chuyển đổi sang Thông tư 99 đòi hỏi một bộ quy tắc áp dụng thống nhất toàn hệ thống – từ quy trình mã hóa dữ liệu, thẩm quyền phê duyệt đến các nguyên tắc khóa sổ đồng loạt.
2.6. Báo cáo tài chính theo mẫu: Được “thêm chỉ tiêu”, nhưng không được “phá form”
Một thay đổi rất đáng chú ý của Thông tư 99 là cho phép doanh nghiệp chủ động bổ sung thêm chỉ tiêu trên Báo cáo tài chính để phản ánh sát hơn đặc thù hoạt động, kèm theo yêu cầu thuyết minh chi tiết các nội dung này. Đồng thời, đối với giai đoạn chuyển tiếp khi thay đổi năm tài chính, doanh nghiệp bắt buộc phải thuyết minh rõ về khả năng so sánh của số liệu và lý do thay đổi kỳ kế toán.
Về mặt nguyên tắc, đây là bước tiến tích cực vì giúp nâng cao tính hữu ích của thông tin kế toán. Nhưng triển khai thực tế thường nảy sinh hai thái cực rủi ro:
- Sự thận trọng quá mức: Nhiều doanh nghiệp không dám bổ sung bất kỳ chỉ tiêu nào vì lo ngại sai lệch so với “mẫu chuẩn” của cơ quan quản lý.
- Sự tùy biến thiếu kiểm soát: Ngược lại, một số đơn vị thêm quá nhiều chỉ tiêu theo nhu cầu quản trị hoặc theo thiết lập sẵn của hệ thống ERP mà thiếu đi chính sách nội bộ nhất quán, thiếu logic mapping và không có thuyết minh đầy đủ.
Cần lưu ý rằng Thông tư 99 không mở ra một cơ chế “tự do trình bày”. Việc bổ sung chỉ tiêu phải dựa trên cơ sở khoa học, có giải trình hợp lý và không làm phá vỡ logic chung của hệ thống báo cáo tài chính. Thách thức thực sự không nằm ở thao tác kỹ thuật thêm một dòng trong phần mềm, mà nằm ở câu hỏi cốt lõi: Chỉ tiêu bổ sung đó phản ánh bản chất kinh tế gì, có ảnh hưởng đến khả năng so sánh dữ liệu giữa các kỳ hay không, và doanh nghiệp đã chuẩn bị sẵn hồ sơ nội bộ để bảo vệ phương án trình bày đó chưa?
2.7. “Substance over form” và các nghiệp vụ phức tạp như BCC: Kế toán sẽ gặp nhiều khó khăn trong ghi nhận và thuyết minh
Thông tư 99 đẩy mạnh việc áp dụng nguyên tắc “Bản chất hơn hình thức” (Substance over form), đặc biệt là trong các hướng dẫn về hợp đồng hợp tác kinh doanh (BCC). Theo đó, việc kế toán một hợp đồng BCC không còn chỉ dựa vào tên gọi hay các điều khoản bề mặt, mà phải tập trung đánh giá sâu về quyền kiểm soát hoặc đồng kiểm soát giữa các bên.
Đây là khu vực dễ phát sinh lúng túng nhất trong thực tế. Không ít hợp đồng BCC được soạn thảo với các cụm từ như “chia doanh thu” hay “phân chia kết quả”, nhưng khi phân tích kỹ các điều khoản thực thi, quyền quyết định ngân sách, quyền kiểm soát tài sản và nghĩa vụ chịu chi phí lại không đi theo một logic thống nhất. Nếu kế toán chỉ dừng lại ở việc đọc tên hợp đồng mà không phân tích sâu bản chất kinh tế (substance), rủi ro phân loại sai và ghi nhận lệch lạc bản chất nghiệp vụ là rất cao.
Thách thức còn nằm ở khâu thu thập dữ liệu. Nhiều doanh nghiệp hiện nay chưa thiết lập cơ chế tách bạch dữ liệu ngay từ đầu cho từng hợp đồng BCC. Đến kỳ lập báo cáo, khi cần trình bày chi tiết về tài sản, nợ phải trả, các cam kết tài chính và rủi ro liên quan, kế toán mới nhận ra hệ thống không đủ thông tin để thuyết minh. Đây là loại vướng mắc không thể xử lý bằng một bút toán điều chỉnh cuối năm, mà đòi hỏi sự chuẩn bị dữ liệu xuyên suốt quá trình vận hành hợp đồng.
2.8. Các cập nhật chính sách dễ gây khó khăn khi triển khai
Thông tư 99 đưa vào nhiều thay đổi tưởng chừng nhỏ khi đọc văn bản, nhưng lại yêu cầu chuyển đổi lớn về hạ tầng dữ liệu. Những điểm đáng chú ý bao gồm:
- Bổ sung phương pháp chi phí chuẩn cho hàng tồn kho;
- Thay đổi hướng dẫn đối với chi phí sửa chữa, bảo dưỡng định kỳ tài sản cố định;
- Bổ sung hướng dẫn kế toán cho tài sản sinh học;
- Bổ sung chi phí thuế TNDN bổ sung và yêu cầu thuyết minh liên quan đến thuế tối thiểu toàn cầu.
Nhìn từ thực tế, đây là những nội dung đòi hỏi “đầu vào vận hành” thay vì chỉ là “đầu vào kế toán”. Chẳng hạn, để áp dụng phương pháp chi phí định mức, doanh nghiệp phải xây dựng được hệ thống định mức chuẩn xác, quy tắc theo dõi và phương án xử lý các khoản chênh lệch phát sinh. Tương tự, việc hạch toán đúng chi phí bảo dưỡng định kỳ đòi hỏi phải có kế hoạch kỹ thuật và hồ sơ phân bổ rõ ràng từ bộ phận sản xuất. Đối với tài sản sinh học, kế toán phải phối hợp với bộ phận nông trường/trại chăn nuôi để phân biệt chính xác đâu là tài sản đủ tiêu chuẩn ghi nhận, đâu là chi phí chờ phân bổ hay chi phí phát sinh trong kỳ.
Ngay cả những chi tiết nhỏ như việc Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý súc vật làm việc dưới 30 triệu đồng (có thể hạch toán vào TK 242 hoặc chi phí tùy thời gian sử dụng) cũng cho thấy sự phụ thuộc chặt chẽ vào dữ liệu thực tế từ hiện trường. Điểm cốt lõi ở đây là: Kế toán có thể nắm vững nguyên tắc, nhưng nếu hệ thống vận hành không cung cấp đủ dữ liệu thực tế, việc tuân thủ Thông tư 99 sẽ trở nên bế tắc. Khó khăn lớn nhất không nằm ở các quy định mới, mà nằm ở chỗ các phòng ban ngoài kế toán chưa kịp thay đổi quy trình làm việc để cung cấp dữ liệu tương ứng.
2.9. Thuyết minh và ngưỡng công bố: Tăng tải “thu thập dữ liệu”
Một thay đổi lớn của TT99 là nâng cao yêu cầu minh bạch hóa thông tin thông qua Bản thuyết minh Báo cáo tài chính. Quy định mới bổ sung danh mục thuyết minh bắt buộc đối với các khoản mục quan trọng như tiền và tương đương tiền bị hạn chế sử dụng, tài sản sinh học, BCC, cổ tức phải trả, trái phiếu đã phát hành, cũng như các khoản mục cụ thể có giá trị chiếm từ 10% tổng số dư của chỉ tiêu tương ứng trên báo cáo tài chính.
Ngoài ra còn có yêu cầu thuyết minh về cơ sở định giá, giả định, ước tính quan trọng và thông tin liên quan đến thuế TNDN bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu. Trên thực tế, đây là lý do khiến nhiều phòng kế toán cảm thấy Thông tư 99 “áp lực” rất rõ.
Trước đây, áp lực thường dồn vào hạch toán và khóa sổ. Còn với Thông tư 99, áp lực chuyển mạnh sang thu thập và tổng hợp dữ liệu để thuyết minh. Khó khăn nằm ở chỗ các dữ liệu này thường không nằm tập trung tại phòng kế toán mà phân tán tại nhiều bộ phận như Pháp chế, Kinh doanh, Đầu tư hay Nhân sự. Nếu doanh nghiệp không thiết lập được quy trình thu thập dữ liệu định kỳ (theo tháng hoặc quý) thì cuối kỳ sẽ rất dễ rơi vào tình trạng quá tải. Việc truy xuất dữ liệu thủ công, đối chiếu chồng chéo giữa các bộ phận không chỉ gây lãng phí thời gian mà còn dẫn đến rủi ro thiếu sót các thông tin trọng yếu. Đây chính là dạng “quá tải vô hình” mà nhiều doanh nghiệp thường chỉ nhận ra khi mùa lập báo cáo chính thức bắt đầu.
2.10. Kế toán và Thuế: Sự tách biệt giữa hai hệ quy chiếu
Đây là nội dung cuối cùng, nhưng lại là một trong những điểm dễ gây nhầm lẫn nhất trong thực tế vận hành. Bộ Tài chính đã trả lời rất rõ: Thông tư 99 hướng dẫn về chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, ghi sổ kế toán, lập và trình bày báo cáo tài chính; còn việc xác định nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp đối với ngân sách nhà nước được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.
Sự khác biệt này càng rõ nét đối với các doanh nghiệp có năm tài chính lệch (ví dụ từ 01/07 đến 30/06). Bộ Tài chính nhấn mạnh: Trong khi mục đích ghi sổ và lập báo cáo tài chính theo Thông tư 99 có thể bắt đầu từ 01/07/2026, thì việc xuất hóa đơn và kê khai thuế đối với các giao dịch ngoại tệ vẫn phải thực hiện theo quy định hiện hành của pháp luật Thuế.
Điều này đồng nghĩa với việc nhiều thay đổi trong Thông tư 99 sẽ không tự động đồng nhất với logic tính thuế. Các ví dụ điển hình bao gồm: phương thức phân bổ chi phí, cách trình bày thuế bổ sung (top-up tax), ghi nhận dự phòng, hay xử lý chênh lệch tỷ giá khi thay đổi đơn vị tiền tệ.
Nếu doanh nghiệp vẫn giữ tư duy cũ “kế toán đi theo thuế”, rủi ro sẽ nảy sinh ở hai phía:
- Một là hạch toán sai lệch bản chất kinh tế để thuận tiện cho việc khai thuế.
- Hai là lập báo cáo tài chính chuẩn xác nhưng thiếu các bảng đối chiếu (reconciliation) đủ chặt chẽ để giải trình với cơ quan Thuế.
Trong các dự án rà soát thực tế, đây là nội dung cần được truyền thông sớm đến Ban điều hành. Nếu không thống nhất ngay từ đầu rằng Kế toán và Thuế là hai hệ quy chiếu có liên quan nhưng không đồng nhất, doanh nghiệp sẽ rất dễ rơi vào vòng lặp tranh luận vòng tròn giữa bộ phận kế toán, phòng thuế và đơn vị kiểm toán.
Kết luận
Nhìn từ thực tế triển khai, vấn đề khi áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC lớn nhất không nằm ở việc “đổi thông tư”, mà nằm ở việc doanh nghiệp có đủ sẵn sàng để tái cấu trúc cách vận hành kế toán hay chưa.
Thông tư 99 mang đến một cơ chế linh hoạt và tiệm cận quốc tế hơn nhưng chính sự linh hoạt đó lại đi kèm yêu cầu khắt khe hơn về quy chế nội bộ, kiểm soát nội bộ, chất lượng dữ liệu, tính kỷ luật của hệ thống và năng lực giải trình trên Báo cáo tài chính.
Từ góc nhìn của Crowe Vietnam, doanh nghiệp sẽ triển khai Thông tư 99 hiệu quả hơn nếu bắt đầu từ ba việc nền:
- Rà soát lại quy chế hạch toán kế toán.
- Chuẩn hóa hệ thống tài khoản kế toán và mapping ERP.
- Xây dựng một checklist dữ liệu thuyết minh theo từng phòng ban ngay từ đầu năm.
Thông tư 99 là một bước tiến, và những doanh nghiệp chủ động thích nghi sớm sẽ không chỉ dừng lại ở việc tuân thủ, mà còn nâng tầm được năng lực quản trị tài chính minh bạch theo chuẩn mực hiện đại.
