Nghị định 20/2026/NĐ-CP hướng dẫn Nghị quyết 198/2025/QH15 đã chính thức quy định các cơ chế đặc thù về thuế, mang đến nhiều ưu đãi quan trọng nhằm thúc đẩy kinh tế tư nhân. Chính sách có hiệu lực từ ngày 17/05/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025. Dưới đây là các nội dung trọng tâm doanh nghiệp cần lưu ý:
1. Các chính sách miễn, giảm thuế TNDN trọng điểm
1.1. Ưu đãi cho hoạt động khởi nghiệp sáng tạo và đổi mới sáng tạo
- Đối tượng thụ hưởng: Bao gồm các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, công ty quản lý quỹ đầu tư khởi nghiệp sáng tạo, và các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp.
- Mức ưu đãi thuế TNDN: Doanh nghiệp được miễn thuế 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp theo đối với thu nhập từ hoạt động này.
- Thời điểm tính ưu đãi:
- Thời gian miễn, giảm được tính liên tục từ năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế.
- Trường hợp có doanh thu nhưng chưa có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu, thời gian ưu đãi bắt đầu tính từ năm thứ tư.
- Yêu cầu hạch toán: Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập ưu đãi. Nếu không tách riêng được, phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí.
1.2. Miễn thuế đối với chuyển nhượng vốn
- Quyền lợi: Miễn thuế TNDN cho thu nhập từ chuyển nhượng cổ phần, phần vốn góp, quyền góp vốn… vào doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo (bao gồm cả bán doanh nghiệp).
- Lưu ý ngoại lệ (Vẫn phải nộp thuế):
- Chuyển nhượng cổ phiếu của công ty đại chúng, tổ chức niêm yết/đăng ký giao dịch.
- Chuyển nhượng vốn gắn liền với bất động sản khi bán toàn bộ công ty TNHH một thành viên do tổ chức làm chủ sở hữu (phải nộp thuế theo quy định chuyển nhượng BĐS).
1.3. Ưu đãi cho doanh nghiệp nhỏ và vừa
- Mức ưu đãi: Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 03 năm liên tục.
- Thời điểm áp dụng: Tính từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (GCNĐKDN) lần đầu.
- Quy định chuyển tiếp: Các doanh nghiệp nhỏ và vừa được cấp GCNĐKDN trước ngày 17/5/2025 nếu vẫn còn trong thời hạn 3 năm đầu, sẽ được tiếp tục hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại từ kỳ tính thuế 2025.
1.4. Nguyên tắc chung khi áp dụng
- Lựa chọn ưu đãi: Nếu doanh nghiệp đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi khác nhau, được quyền chọn phương án có lợi nhất và áp dụng ổn định.
- Kỳ tính thuế đầu tiên: Nếu năm đầu hoạt động dưới 12 tháng, doanh nghiệp có thể chọn hưởng ưu đãi ngay hoặc đăng ký lùi sang kỳ tính thuế tiếp theo.
2. Các trường hợp không được áp dụng miễn thuế TNDN 03 năm đầu
Theo Nghị quyết số 198/2025/QH15 và Nghị định số 20/2026/NĐ-CP, chính sách miễn thuế TNDN trong 03 năm đầu dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được áp dụng kèm theo các điều kiện loại trừ chặt chẽ. Các doanh nghiệp cần lưu ý các trường hợp không thuộc diện được hưởng ưu đãi sau đây:
2.1. Loại trừ dựa trên phương thức hình thành và nhân sự chủ chốt
Chính sách ưu đãi thuế không áp dụng đối với các doanh nghiệp không đảm bảo yếu tố “mới hoàn toàn” về cấu trúc tổ chức hoặc người điều hành:
- Hình thức thành lập: Doanh nghiệp được hình thành từ các hoạt động chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Nhân sự quản lý và sở hữu: Doanh nghiệp thành lập mới có người đại diện theo pháp luật (ngoại trừ người đại diện không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất thuộc một trong hai diện:
- Đang giữ vai trò tương đương tại các doanh nghiệp khác đang hoạt động.
- Đã giữ vai trò tương đương tại các doanh nghiệp đã giải thể trong vòng 12 tháng tính từ thời điểm giải thể đến khi thành lập doanh nghiệp mới.
2.2. Loại trừ theo tính chất thu nhập
Căn cứ theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, dù là SME mới thành lập, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các khoản thu nhập sau:
- Thu nhập từ chuyển nhượng: Chuyển nhượng vốn, quyền góp vốn; chuyển nhượng bất động sản (trừ thu nhập từ đầu tư xây dựng nhà ở xã hội); chuyển nhượng dự án đầu tư hoặc quyền tham gia dự án (trừ dự án chế biến khoáng sản); quyền thăm dò, khai thác và chế biến khoáng sản.
- Thu nhập từ tài nguyên và hoạt động quốc tế: Hoạt động kinh doanh ngoài lãnh thổ Việt Nam; thăm dò, khai thác dầu khí và các tài nguyên quý hiếm khác; hoạt động khai thác khoáng sản.
- Thu nhập từ lĩnh vực đặc thù: Sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng; kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (ngoại trừ các dự án sản xuất, lắp ráp ô tô, máy bay, tàu lượn, du thuyền và lọc hóa dầu).
2.3. Hiệu lực và phương thức xác định thời gian miễn thuế
- Thời điểm áp dụng: Chính sách chính thức có hiệu lực từ ngày 17/05/2025 và áp dụng bắt đầu từ kỳ tính thuế năm 2025.
- Cách tính thời gian: Thời gian miễn thuế được xác định là 03 năm liên tục kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
- Xử lý chuyển tiếp: Những doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước ngày Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực, nếu vẫn đang trong thời hạn 3 năm đầu, sẽ được hưởng chính sách ưu đãi cho thời gian còn lại.
